พลโท อิสระชัย บำรุงพงศ์ เกิดเมื่อวันที่ 10 สิงหาคม พ.ศ.2483 เป็นบุตรชายคนเดียวของ พลเอกบุญชัย บำรุงพงศ์ อดีตรองนายกรัฐมนตรี อดีตผู้บัญชาการทหารบก และ คุณหญิงจรัสลักษณ์ บำรุงพงศ์ พลโทอิสระชัย เกิดในค่ายทหาร ตำบลนาเชย อำเภอเมือง จังหวัดจันทบุรี หลังจากสำเร็จการศึกษาชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 6 จากโรงเรียนอัสสัมชัญศรีราชา เมื่อพ.ศ.2500 ได้เข้าศึกษาต่อในโรงเรียนนายร้อย เป็นนักเรียนเตรียมนายร้อยรุ่นที่ 18 ต่อจากนั้นจึงได้เข้ารับการศึกษาในโรงเรียนนายร้อยพระจุลจอมเกล้า เป็นนักเรียนนายร้อยรุ่นที่ 11 และสำเร็จการศึกษาได้รับพระราชทานยศเป็นวาที่ร้อยตรี เหล่าทหารราบ เมื่อวันที่ 25 มกราคม พ.ศ.2507